Indicateurs de biodiversité

École d’été Dominique Gravel
formation
école été
Author

Claire-Cécile Juhasz

Published

May 13, 2024

Day 1

Présentation Dom - Ouverture

see map of ecoregions in Canada (see wikipedia)

Annie Chaloux - Gouvernance mondiale de la biodiversité

Reliée au Climatoscope

Points historiques

-> année charnière pour la BD = 1992
Avant ça, deux mouvances : préservationnisme (cf def, conduisant à l’exclusion de peuples autochtones des zones protégées) et conservationnisme (protection des sp utiles à l’homme & utilisation raisonnée des ressources)

  • Création UICN (Union Internationale de la Conservation de la Nature) en 1948 - dev de la liste rouge / liée à la fin de la seconde guerre mondiale et industrialisation croissante
  • Engagements internationaux importants - Ramsar (conv sur les milieux humides 1971) & CITES (1973)
  • 1992 - Sommet de la terre de Rio - création de plusieurs conv. en deux semaines et notamment sur la désertification, le réchauffement climatique et la diversité biologique - la situation géopolitique faisait qu’il y avait un grand espoir de collaborations (si convention poas signée, découle sur des déclarations d’intention)

==> Conv sur la diversité biologique (CDB) : conservation de la biodiversité, partage juste et equitable découlant de l’exploitation de la div génétique

  • 1993 - entrée en vigueur de la CDB (étapes = signature, ratification et finalement entrée en vigueur)

  • 1994 - COP1 à Nassau (COP sur la biodiv au deux ans, au 1 an pour chang. clim.)

  • 2002 - sommet mondiale sur le dev durable (Johannesburg) : dev durable = idée d’assurer un dev qui permet aux générations actuelles et furures de répondre à leurs besoins - Prend la suite des mouvements de conservationnisme et preservationnisme

  • 2010 - définition des objectifs d’AICHI

  • depuis 2010 - création de l’IPBES (équivalent du GIEC, qui lui a été mis en place beaucoup plus rapidement et qui explique aussi pourquoi COP annuelle et pas juste aux deux ans) - experts qui regrouprent la connaissance scientifique pour faire une synthèse - présence impoAnnie Chaloux - Gouvernance mondiale de la biodiversité

Reliée au Climatoscope

Points historiques

-> année charnière pour la BD = 1992
Avant ça, deux mouvances : préservationnisme (cf def, conduisant à l’exclusion de peuples autochtones des zones protégées) et conservationnisme (protection des sp utiles à l’homme & utilisation raisonnée des ressources)

  • Création UICN (Union Internationale de la Conservation de la Nature) en 1948 - dev de la liste rouge / liée à la fin de la seconde guerre mondiale et industrialisation croissante
  • Engagements internationaux importants - Ramsar (conv sur les milieux humides 1971) & CITES (1973)
  • 1992 - Sommet de la terre de Rio - création de plusieurs conv. en deux semaines et notamment sur la désertification, le réchauffement climatique et la diversité biologique - la situation géopolitique faisait qu’il y avait un grand espoir de collaborations (si convention poas signée, découle sur des déclarations d’intention)

==> Conv sur la diversité biologique (CDB) : conservation de la biodiversité, partage juste et equitable découlant de l’exploitation de la div génétique

  • 1993 - entrée en vigueur de la CDB (étapes = signature, ratification et finalement entrée en vigueur)

  • 1994 - COP1 à Nassau (COP sur la biodiv au deux ans, au 1 an pour chang. clim.)

  • 2002 - sommet mondiale sur le dev durable (Johannesburg) : dev durable = idée d’assurer un dev qui permet aux générations actuelles et furures de répondre à leurs besoins - Prend la suite des mouvements de conservationnisme et preservationnisme

  • 2010 - définition des objectifs d’AICHI

  • depuis 2010 - création de l’IPBES (équivalent du GIEC, qui lui a été mis en place beaucoup plus rapidement et qui explique aussi pourquoi COP annuelle et pas juste aux deux ans) - experts qui regrouprent la connaissance scientifique pour faire une synthèse - présence importante du corps politique

  • entente Kunming-Montréal car COP15 effectuée deux temps à cause du COVID (une partie en remote organisé par la présidence chinoise et une partie en présence à Montréal)

Organisation

Les différentes structures:

  • cadre principal - CBD, qui organise les (rôle à préciser)
  • COPs (rôle ?)
  • le secrétariat - aide le gvnt à mettre en oeuvre les plans d’action, organisation, super négociateur (nommé par les membres de la COPs)
  • les protocoles et autres traités

Les acteurs de la gouvernance mondiale:

  • les Parties (les états) - prennent les décisions sur les questions de biodiv
  • les autres parties-prenantes - observateurs comme ong environnementales, des entreprises, groupes autochtones, de femmes, d’agriculteurs, de jeunes, … - peuvent prendre la parole mais ne peuvent pas voter - Rôle d’influenceurs inportant !
  • IPBES - entité qui fournit l’information utile basée sur la science pour les prises de décision

Le déroulements : Processus qui se déroulent sur deux ans environ

  • préparation des sessions de négociations
  • la COP - sur deux semaines, plénière, groupes de travail avec séances de négociations (formels et informels), interventions des Parties et des observateurs
  • Adoption des décisions en plénière

Le présidence de la COP est un représentant du pays qui reçoit - super extra important et très très difficilertante du corps politique

  • entente Kunming-Montréal car COP15 effectuée deux temps à cause du COVID (une partie en remote organisé par la présidence chinoise et une partie en présence à Montréal)

Organisation

Les différentes structures:

  • cadre principal - CBD, qui organise les (rôle à préciser)
  • COPs (rôle ?)
  • le secrétariat - aide le gvnt à mettre en oeuvre les plans d’action, organisation, super négociateur (nommé par les membres de la COPs)
  • les protocoles et autres traités

Les acteurs de la gouvernance mondiale:

  • les Parties (les états) - prennent les décisions sur les questions de biodiv
  • les autres parties-prenantes - observateurs comme ong environnementales, des entreprises, groupes autochtones, de femmes, d’agriculteurs, de jeunes, … - peuvent prendre la parole mais ne peuvent pas voter - Rôle d’influenceurs inportant !
  • IPBES - entité qui fournit l’information utile basée sur la science pour les prises de décision

Le déroulements : Processus qui se déroulent sur deux ans environ

  • préparation des sessions de négociations
  • la COP - sur deux semaines, plénière, groupes de travail avec séances de négociations (formels et informels), interventions des Parties et des observateurs
  • Adoption des décisions en plénière

Le présidence de la COP est un représentant du pays qui reçoit - super extra important et très très difficile

==> Prend une mineure en sciences politiques pour les chercheur.e.s

States of great lakes 2022 report

Laura Pollock - Global Biodiversity Framework (GBF)

Four big goals in 23 targets for 2050
Goal A = EcoS health and extent, halting human-induced extinctions & maintaining genetic diversity

  • Targets 1 to 8 = reducing threats to biodiversity
  • From 9 to 13 = Meeting people’s needs through sustainable use and benefit-sharing
  • from 14 to 23 = tools and solutions for implementation and mainstreaming

GBF indicators

  • headlines indicators (connected to the goals)
  • component indicators
  • complementary indicators

These ind. should meet following criteria:

  • data & metadata publicly available
  • peer-reviewed
  • data source and indicators regularly updated at least every 5 years
  • mechanism to monitor indicator methodology and/or data production

Interesting paper: Corroboration and contradictions in global biodiversity indicators

Diego Creimer - Indicateurs de biodiversité locaux pour les investisseurs du Québec

Actually ten investigators have been identified
Started two years ago
Obj. : provides decision tools, impacts of investissment on ecoS & local measurement

8 indicators have been developped and target: service ecoSq, espèce à statut, conservation, perte habitat, pollution, esp. exotiques & envahissantes, connectivité & perturbation.

Day 2

Concept of biodiversity

interaction change multi-species trends raw data increase decrease equili variaty richness heteregenoneite composition measure func

Kath Hébert - Diving into the LPI

Biodiversity indicator = state of biodiversity at certain point in time to draw inferences about changes in that state

Equilibre entre simplification de l’information mais sans perdre trop de complexité.
Living Planet Index = component index
See technical report

  • Huge diversity in data (and units!)
  • Concept of shifting baseline
  • Average (masks extreme values)
  • variation

Dom - Essential Biodiversity Variables

Kath Hébert - The plan Nature consultation

Day 3

Guillaume Larocque - BON in a box

GEO Group on Earth Observations
BON is biodiversity observation network
Network of data and models
EBV data portail


BON in a box = plateforme to build ebv and indicator, open, transparent , adaptable (see projects) - very stable software environment based on Docker
Results viewer allows you to see results of each step in the pipeline

stacatalog = series of raster with metadata

Yvan Le Bras - la plateforme Galaxy

portail = script de tout type de langage(-ish) rendu excecutable grâce à des formulaires web - affranchi le chercheur de devoir savoir coder ou utiliser des supers calculateurs

Focus sur les variables essentielles de biodiversité = toutes données qui se placent entre la données brutes et les indicateurs - dans ce cas, l’obj. est de pouvoir produire des EBVs à partir de jeux de données variés avec des sémantiques de variables primaires (cad nom des colonnes) différentes == EBV workflow

Philosophie du PNDB est d’arrêter d’attendre la clarification de def des EBVs, mais utilisation d’une définition qui permet l’opérationnalisation - Reste imparfait mais fonctionnel !

PNDB = objectif de centraliser toutes les données de la BD et facilité son utilisation

papier Kissling et al - concept EBVs vers EBVs produits

Gestion de l’incertitude dans l’EBV workflow? Responsabilité repose sur l’utilisateur du WF - PNDB créé le WF mais ne manipule pas la données (même état d’esprit que pour l’agrégateur de métadonnées)

Vincent Beauregard - Accessing Biodiversity Data

Majority of data are stocked in cloud

  • web app, supported by database (for storing occurrences) and interactive ma p & portal
  • R package providing acces to te data
  • processing pipeline to produce indicators

Fundamentals behind wed data system

Client-server model = fondamental unit behind web server

Client & server communicate with protocol (HTTP = rules that define how client and server communicate and exchange data)

Ex in web browsing

  • client is the web browser
  • server can be a web server such as Apache, Nginx or a web app server such as Node.js, Django, Shiny
  • protocole is HTTP or HTTPS (S for secured, data are encrypted)
  • client = email desktop, email web
  • server = email servers
  • protocoles = SMTP, IMAP, POP3

Database access

  • client = database clients (MySQL, …),R packages, web applications, APIs

  • server = database servers (MySQL, PostgreSQL), APIs ()

  • protocoles = HTTP, ODBC

Web architecture

front-end vs. back-end
API = interface between client and server parts or server and server- Use to do the translation between different protocoles used by each part.

HTTP = define how messages are formatted amd transmitted (request-response model), allows CRUD operations (Create POST, Read GET, Update PUT, Delete DELETE) with http requests and supports variety of data formats

Cookies are due to the stateless feature of APIs

Example of the GBIF API

Accessing data of Biodiversity

We can use:

  • static file
  • APIs
  • Cloud-Optimized Formats (COF) = big data stored as static files in the cloud, but optimized for fast access and processing (Parquet, large environment raster file - stacatalog)

Coodinates format - always favored projected coordinates for geospatial stuff

Day 4

Dom - Build your own indicator

Creation of indicator based on habitat destruction

Erin Baynes - Alberta Monitoring Biodiversity Institute

Professor at the university and director of ABMI

Philosophy

=> collect and model data of biodiversity and reporting
=> huge focus on species and tehir habitat (huge species DB, habitat and their threats and quality)
=> lot of work on human footprint
=> organiozation level = group of taxa

EcoS Health Program

see website

Biodiversity Intactness Index (BII)

Real time - Habitat prediction for operational decision making

Break the indicator

  • retravailler l’intro dans mise en contexte goal et target
  • interprétation resultats avec support visuel

Ciara & Chloé - Raudsepp-Hearn: Key Biodiversity Areas

site web